La microbiota o flora intestinal es el conjunto de bacterias que vive de manera habitual en el intestino de los seres humanos y de muchos animales, manteniendo una relación simbiótica tanto de tipo comensal como de mutualismo. La mayoría de este conjunto de bacterias no son dañinas para la salud, y muchas son beneficiosas participando en numerosos procesos fisiológicos.
La microbiota intestinal participa de manera principal en multiples funciones como el metabolismo de algunos carbohidratos, especialización y activación del sistema imnunitario, regulaciónl del crecimiento de células intestinales y sísntesis de ciertas vitaminas (K y B). Algunas bacterias de la microbiota intestinal tienenn enzimas que son capaces de digerir ciertos carbohidratos que no pueden ser procesados de otra manera. Polisacáridos mas o menos complejos, como los que componen la fibra alimentaria insoluble, sufren procesos de fermentación que dan lugar a productos como los ácidos graso de cadena corta , los cuales ejercen efectos beneficiosos sobre el metabolismo de los glúcidos y del colesterol. Dicha fermentación, también produce gases y flatulencias con olores característicos de las heces. Se ha propuesto que los productos derivados de la fermentación colónica de la fibra, como ciertos ácidos grasos de cadena corta, podrían jugar un importante papel en la prevención de la aparición de cáncer de colon. Dichos productos parecen ejercer efectos antiinflamatorios y apoptoticos de células que pudieran llegar a ser cancerígenas.
La microbiota intestinal tiene un papel principal sobre el tejido linfoide asociado a la mucosa del intestinal. La microbiota tiene la función de preparar a los linfocitos las cepas que son beneficiosas o dañinas para el organismo, así como reconocer las bacterias invasoras. De esta manera, las bacterias de la microbiota jercen una función de especialización del sistema inmunitario.
La microbiota intestinal no existe durante la vida intrauterina, se adquiere desde el momento del nacimiento por exposición a especies bacterianas en el momento del parto a partir de la flora vaginal y gastrointestinal de la madre. Posteriormente, con la alimentación y la exposición al ambiente se van adquiriendo otras especies bacterianas.
El propio organismo ejerce un control de la proliferación de las bacterias de la microbiota mediante mecanismos hepáticos que ejercen una función depuración y prevención.
La desaparición de especies como consecuencia de la alimentación inadecuada o medicamentos o las alteraciones en la composición de la microbiota intestinal pueden provocar numerosos trastornos para el individuo, como la colitis el síndrome de colon irritable, alteraciones nutricionales, deficiencia de vitaminas, etc. Por ello, el mantenimiento de una alimentación adecuada, carente de elementos tóxicos es una condición que permite el equilibrio de muchas funciones del organismo.